مسجد آقابزرگ منسوب به ملا مهدی نراقی ملقب به آقابزرگ است که در نیمه قرن ۱۳ق، مقارن با دوران پادشاهی محمد شاه قاجار ساخته شده است. این مسجد و مدرسه در محدوده تاریخی و بافت قدیمی شهر، مجاور بقعه خواجه تاجالدین و در محلهای به همین نام بنا گردیده و در خیابان آقابزرگ، منشعب از خیابان فاضل نراقی واقع است. به نظر میرسد که این مجموعه، بر روی آثار به جای مانده پس از زلزله ۱۱۹۲ق یا دورههای گذشته ساخته شده باشد، به خصوص شبستان ۴۰ ستون شمالی مسجد که احتمالاً پیش از احداث گنبدخانه بر روی بقایای خانقاه، مسجد، مقبره و مدرسه خواجه تاج الدین (متعلق به اواسط سده ۹ق) ساخته شده است. تلفیق این شبستان با مسجد و مدرسهای که بعداً در کنار آن ایجاد گردید، یکی از نمونههای ایجاد هماهنگی و اتصال دو بنا در کنار هم است. مسجد و مدرسه آقابزرگ مجموعه نفیسی است از عناصر معماری و تزییناتی، و ترکیبی از این حجمها و اندامهای متناسب به هم تنیده، شامل: سردر و هشتی ورودی، صحن مرکزی، مقصوره و شبستانها.همچنین مدرسه آقا بزرگ کاشان با طرح گودال باغچه و بادگیر های که نمایانگر استفاده ی هوشمندانه از عناصر اقلیمی است. استفاده از خاک بستر ساختمان،بدون باقی گذاشتن آثار یا ضایعات در محل استخراج،برای ایجاد مصالح موجب شده است تا با حداقل مصرف انرژی و افزودنی های غیر محلی،درصد عمده ی مصالح مورد نیاز از درون محل کارگاه ساختمان تامین شود.
گنبدخانه بر روی ۸ پایه عظیم بر پا شده است. در طرح مساجد قدیمی ایران ایجاد گنبد بر روی پایههای آزاد به ندرت دیده میشود. نتیجه عملی اجرای این نوع طرح، جریان یافتن هوای خنک در فضای گنبدخانه در فصول گرم و تابستانهای داغ منطقه کویری است. گودال باغچه (حیاط تحتانی)؛ حوض بزرگ (آب نما) و باغچههای آن به طراوت فضا کمک میکند. با توجه به سادگی و بیپیرایگی این مجموعه، زیادهروی در تزیین، بهویژه در کاشیکاری این بنا به چشم نمیخورد.
